Hw5 #2
Hw5 #2
Conversation
There was a problem hiding this comment.
Хорошая работа! Есть мелочи, которые не добиты в самых сложных функциях, постаралась расписать логику, как это можно исправить и в чём конкретно возникли ошибки. Но в целом здорово, проделана отличная работа.
По мелочи по оформлению: уж очень минималистичный ридми, не везде хватает аннотаций типов, докстринги не все соответствуют функциям.
Распределение баллов:
Добработка FASTQ-модуля : 15 баллов + 5 доп баллов за реализацию фильтрации.
Часть B: за каждую из двух функций (из трех предложенных)
convert_multiline_fasta_to_oneline: 35 баллов
parse_blast_output: 30 баллов
Результат в итоге не корректный, но очень разумное направление мысли и реализации.
Третья функция была не обязательна, но она также большей частью реализована - 7 доп баллов.
Обновление ридми: 8 баллов (уж очень минималистично, без версий, и упоминание функций для fastq пропало).
Общее: -5б за чтение всего файла разом.
Итоговые баллы за задание: 83 + 12 дополнительно.
| if output_fasta is None: | ||
| output_fasta = "converted_" + input_fasta.split("/")[-1] |
There was a problem hiding this comment.
Да, хороший способ справиться. Единственное что на свой вкус я бы подписала как "oneline" или еще с каким-то более явным указанием на то, что конвертед то.
| output_fasta (str, optional): path for the converted file. | ||
|
|
||
| Returns: | ||
| str: path to the converted FASTA file. |
| results = [] | ||
|
|
||
| with open(input_file, "r") as f: | ||
| lines = f.readlines() |
There was a problem hiding this comment.
Для файлов BLAST это может быть большим объемом, не стоить загружать их целиком в память.
| None | ||
| """ | ||
|
|
||
| results = [] |
There was a problem hiding this comment.
Список вместо множества. Возможны дубликаты при нескольких QUERY с одинаковым топ-хитом.
| if i + 1 < len(lines): | ||
| next_line = lines[i + 1].strip() | ||
| if next_line: | ||
| results.append(next_line) |
There was a problem hiding this comment.
В задании нужен только Description, а тут добавится полная строка, в которой есть и другие вещи (даже если исправить комментарий выше).
| if line.startswith("/gene="): | ||
| gene = line.split('"')[1] | ||
| elif line.startswith("/translation="): | ||
| translation = line.split('"')[1] |
There was a problem hiding this comment.
А в таком формате потеряется всегда, потому что в строке просто не будет закрывающей кавычки.
| translation = "" | ||
|
|
||
| for line in all_lines: | ||
| line = line.rstrip() |
There was a problem hiding this comment.
rstrip это rights strip, он не удалит отступы слева и строка никогда не будет начинаться с того, что ищется дальше.
| mode = "w" if overwrite else "a" | ||
|
|
||
| return filtered | ||
| with open(output_fastq, mode) as out: |
There was a problem hiding this comment.
Она принимает из главной фунции сиквенсы на запись и output_fastq, и сохраняет отфильтрованные данные в папку filtered (ее может и не быть) по имени output_fastq.
Не реализована часть задания. Совсем для красоты было бы еще проверить, output_fastq уже .fastq или нет, но это так.
| seq = f.readline().rstrip() | ||
| f.readline() # plus line | ||
| qual = f.readline().rstrip() | ||
| yield name[1:], seq, qual # remove '@' from name |
There was a problem hiding this comment.
👍 лайк что тут не чтение всего сразу, хорошая реализация.
|
|
||
| # BioToolkit | ||
|
|
||
| This is a small bioinformatics toolkit for working with DNA and RNA sequences be dadaist2001. |
There was a problem hiding this comment.
| This is a small bioinformatics toolkit for working with DNA and RNA sequences be dadaist2001. | |
| This is a small bioinformatics toolkit for working with DNA and RNA sequences by dadaist2001. | |
2 participants
Added FASTQ reading and file processing functions